25歳の若さでイングランド女王に即位したエリザベス1世。弱小国であったイングランドを大国へと導き、政治家として生涯独身を貫いた“ヴァージン・クイーン”。その影には、君主としての自分と、愛を欲する女性としての自分との矛盾に苛まれる姿があった。

45歳を迎える女王に危機が訪れる。ローマ教皇が、異端者としてエリザベスを破門したのだ。嫡子でない彼女を正当な王位継承者と認めていなかったローマ教皇は、正当な血筋であるメアリ・スチュアートを利用して彼女を退けようとした。メアリ・スチュアートによるエリザベス暗殺計画がわかると、女王は反乱に加担した人物全員を公開処刑する。

十数年後、宿敵スペインの無敵艦隊を撃破し、ついにイングランドが勝利する。君主として勝利の杯を交わす女王だったが、勝利を目前に最愛のレスター伯が病に倒れ、女として悲しみに暮れるのだった。

世界貿易の覇権を握ったイングランドは大国への道を歩む。エリザベスは、レスター伯の義理の息子で、34歳年下のエセックス伯と新たな恋に落ちる。女王の寵愛によって地位を得たエセックスだったが、気まぐれで野心家な青年は、宮廷への謀反という結果を招く。反逆罪で捕らえられるエセックス。エリザベスは、君主として最もつらい決断、愛する男の死刑執行書にサインすることを迫られ、彼を断頭台へと送る。

偉大な歴史の中心で、震えるような孤独と闘いながら45年もの間イングランドを統治した女王エリザベスは、忍びよる死の影を感じながら、じっと立ちつくし、自らの人生を回顧する…。